新憲章では、議長や自治委員を校民が直接選挙で選ぶ制度に改正。さらに委員会の救済対象である校民を具体的に定義。25歳未満のすべての者を校民と規定したうえで、25歳以上でも学校教育法上の「1条校」の生徒学生や委員会と政策協定を締結した者などを「特定校民」や「特別校民」としました。

　また、一部を規則に委任するなど体系化することで条文を大幅に削減し、内容を整理。このほか「活動員」を「自治員」に名称を変更するなどしました。

　日本自治委員会では、憲章改正に伴い、新たに４本の規則を矢継ぎ早に制定。

　特別職資格審査会設置規則では、議長や自治委員など選挙に立候補しようとする者の徳性や能力を審査する特別職資格審査会を設置し、同審査会に事実上被選挙権を付与。特別職選挙法では、具体的な選挙執行のルールを規定。日本の公職選挙法をベースにオンライン会議システムを利用した投票制度を導入。一方でルッキズムなどによる安易な人気投票にならないよう選挙運動を選挙公報のみとする厳しい規制を導入しました。

　地方組織の編成及び運営に関する規則では、認証自治委員会制度に代え、自治区制度を規定。都道府県・政令市の全域又は一部地域に自治区を置き、地方組織として運営する仕組みを整えました（認証自治委員会制度は廃止）。

　校民の権利及び義務に関する規則では、憲章の委任を受け、校民の権利義務のほか、校民に対する懲戒処分手続きを規定しました。

　このほか旧憲章下で制定した一部規則や規程を廃止するなど、日本自治委員会の規則体系を全面的に見直しました。